À partir des champs pétrolifères, la raffinerie reçoit son pétrole brut par navire pouvant contenir jusqu'à un million de barils. Ses installations portuaires sont uniques, en ce qu’elles possèdent le seul quai en eau profonde permettant ce type d’opération sur le Saint-Laurent.
Afin d’assurer la sécurité de la navigation et des manœuvres reliées à ces opérations maritimes, Ultramar fait appel aux pilotes-lamaneurs du Bas-Saint-Laurent qui ont une longue expertise en la matière.
En 1996, Ultramar s'est dotée d'installations permettant le transport par train-bloc de ses produits finis, entre la raffinerie et son terminal de Montréal-Est.
Ultramar fait également appel aux moyens de transport routier et ferroviaire conventionnel. Le camion-citerne est le plus utilisé pour la distribution des produits plus communs, tels que l’essence et les distillats. Quant aux wagons-citernes ils permettent l’acheminement de certains produits spécialisés.
